Crohn hastaları bazen direkt bağırsak şikayeti yaşamaz, bu nedenle sorunlarının kaynağını bulmak için dermatolojiden kulak burun boğaz kliniklerine kadar çeşitli branşlara başvurabilir, hatta eklem ağrıları nedeniyle bir romatoloji uzmanının kapısını çalabilirler. Hastalığın tipik şikayetleri arasında ishal, bağırsak alışkanlığının değişmesi, dışkı ile birlikte makattan kan gelmesi ve geçmeyen karın ağrıları yer alır. Örneğin sürekli karın ağrısı çeken ve ağrı nedeniyle gece uykudan uyandığını söyleyen bir kişinin Crohn hastası olma olasılığı yüksektir.