Kişiye reflü tanısı konulduktan sonra endoskopi sonuçlarına göre tedavi planlanır. Tedavide cerrahi yöntem her zaman en son seçenek olarak düşünülür. Ameliyatı gerekli kılan durumlar ise:
Hastada mide fıtığı varsa, kaslar yırtılmış ve yemek borusunun ortasından geçiyorsa bu durum ilaçla tedavi edilemez. Cerrahi uygulama gerektirir.
Özofajit (gastrik içeriğin özofagus içine kaçması sonucu yanma, göğüs ağrısı ve yutma güçlüğü ile kendini gösteren bir hastalık) varsa cerrahiye başvurulur.
Hastada Barret özofagus varsa, tedavide tek seçenek yine cerrahi yöntemdir. Barret özofagus, mideye yakın olan ve reflü nedeniyle yanan hücrelerin zaman içinde değişime uğramasıyla oluşan bir rahatsızlık. Bu değişim, yıllar içinde meydana gelebilir ve kişide kanser riskini artırabilir.
Barret özofagus hastalığında hücreler, değişerek kendilerini aside dayanıklı hale getirmeye çalışır. Ancak kontrolsüz değişim, kanserin başlangıcı anlamına gelir. Barret özofagus olan hastalarda kanser riski her yıl daha da artabilir. Kimi durumlarda genç hastalarda, ilaçla tedavi edilebilecek olsalar dahi genellikle reflü ameliyatı yapılması gerekir.