Fibromiyaljinin sebebi tam olarak bilinmemekle beraber depresyon, stres ve uyku bozukluklarının etkili olabileceği düşünülür. Birçok çevresel faktörün Fibromiyalji sendromunu tetiklediği kabul edilir. Bunlar fiziksel travmalar, emosyonel baskılar, infeksiyonlar ve endokrin bozukluklar olarak sıralanabilir. Son yıllarda yapılan çalışmalar, belirtilere yol açan bozukluğun santral sinir sistemindeki artmış duyarlılıktan kaynaklandığını akla getirir. Genetik faktörlerin de rolü olduğu ve aile öyküsü olanlarda daha sık görüldüğü bildirilmektedir. Fibromiyalji sendromlu hastalarda ağrı eşiği düşüktür, strese yanıt vermede bozukluk vardır. Depresyon ve anksiyete gibi duygu-durum bozuklukları eşlik edebilir.