Sindirim sisteminde mide asidine maruz kalan bölgelerde derin ve ağrılı yaralar ortaya çıkıyor. Midede ve onikiparmak bağırsağında sık görülen bu yaralara ülser deniliyor. Bu bölgede ortaya çıkan derin yaralara bağlı olarak karnın üst kısmında ağrı, yanma, dolgunluk, bulantı, kusma, hazımsızlık yakınmaları ortaya çıkıyor. Daha çok çocukluk yaşında bulaşan bu bakterinin yetişkinler arasında bulaşması oldukça zordur. Bazen ülser çok derin olabiliyor. Bu durumda mide delinmesi, kanaması ve midenin çıkışının tıkanmasına yol açabiliyor. Bu durumlar da daha ciddi problemlerin, bazen yaşamsal tehlikelerin oluşmasına neden olabiliyor.