Ülserin en sık nedeni “Helikobakter Pilori” denilen bir bakteridir. Bu bakteri çevre temizliği yeterli olmayan ülkelerde daha sık görülürken, gelişmiş ülkelerde daha az gözlenir. Ülserin bakteri tarafından ortaya çıktığının bulunması sonrası ülserin kalıcı tedavisi sağlanmış oldu, artık mide ülseri ilaçla kalıcı olarak tedavi edilebilmektedir. Ülser tedavisinde artık ameliyat gerekmemektedir. Mide ülserinin nedeninin bir bakteri olduğunu bulan Avusturalyalı bilim insanları 2005 yılında Nobel Tıp ödülü almıştır. Mide ülserinin en sık ikinci nedeni ise ağrı kesiciler ve aspirin kullanımıdır. İlginç olarak halk arasında çok bilinmeyen bu durum gerçekte çok sık gözlenir. Bazen sadece bir tane ağrı kesici almakla bile derin, kanamalı ülserler ortaya çıkabilir. Bazı kemik erime tedavi ilaçları da ülsere neden olabilir. Psikolojik stresler mide ülserine neden olamaz ancak ağır hastalıkla yoğun bakım ünitesinde yatmak, şok, ciddi yanıklar, kafa yaralanmaları, büyük ameliyatlar gibi fiziksel-biyolojik stresler ülsere neden olabilir. Tabi ki sigara ve alkol her zaman mideye zarar veren maddelerin başında sayılmalıdır.